Els primers detalls del mercat de Palafrugell són del començament de l'any 1600. Segons Miquel Torroella en la seva Història de Palafrugell, el mercat tenia lloc a l'actual Carrer Cavallers, concretament en una petita plaça anomenada Plaça del Gra, situada al sud d'aquest carrer (actualment aquesta plaça ja no existeix). Degut a la gran concurrència del mercat, l'any 1724, el prior de Santa Anna, Antonio de Bru i de Canta, dóna l'autorització oficial per establir els dijous el mercat comarcal de Palafrugell.

Aquest fet provoca un reconeixement del mercat i en conseqüència, el fa engrandir encara més amb l'afluència de persones d'altres pobles del costat que hi anaven a comprar i a vendre.

Al 1891, es canvia les tardes dels dijous pels diumenges al matí i el mercat se situa al carrer Pi i Margall. A l'any 1901, s'inaugura sobre l'antic cementiri, l'actual edifici del mercat de la carn, el propi mercat on diàriament se situaven totes les parades. Passada una quinzena d'anys, al 1915, l'edifici quedava petit i les parades de verdura i fruita es van instal·lar a fora d'aquest, en el mateix carrer Pi i Margall.

Als anys 60, es construeix l'edifici del mercat del peix i aquest és remodelat l'any 2011.